Trong Chiến tranh Việt Nam, đơn vị đã sử dụng các tàu vận tải cỡ nhỏ để thâm nhập vào miền Nam. Mặc dù có số hiệu đầy đủ, song để giữ bí mật, các tàu này không sơn số hiệu lên thân tàu. Vì thế, những con tàu này được biết đến với tên gọi chung là Đoàn tàu Không số.

Tàu 43

Tàu 43 là một trong bốn con tàu vận chuyển vũ khí quân nhu vào Đức Phổ (43; 56; 165 và 235) tiếp tế cho chiến trường miền Nam trong cuộc tổng tấn công và nổi dậy Tết Mậu Thân 1968. Bốn tàu ra đi nhưng chỉ có Tàu 56 trở về. Ba chiếc còn lại đều đụng độ với tàu tuần duyên của Hải quân Việt Nam Cộng hòa và phải phá hủy tàu.

Tàu 54

Tàu 54 thuộc Tiểu đoàn 1, Lữ đoàn 125. Vào tháng 9 năm 1970, tàu chở 70 tấn vũ khí, xuất phát tại Cảng K35 Hải Phòng đi Rạch Gốc, Cà Mau. Chỉ huy của tàu bao gồm Thuyền trưởng Hai Đặng, Chính trị viên Hai Hiệu và hai phó thuyền trưởng là Chử Thái Bình và Đồng Xuân Chế. Tuy nhiều lần rơi vào tình thế nguy hiểm, tàu 54 an toàn trở về sau hơn một tháng hành trình.

Tàu 56

Trong Chiến tranh Việt Nam, Đoàn 125 HQ đã tổ chức 3 chuyến tàu cặp bến thành công, vận chuyển 109 tấn vũ khí, kịp thời trang bị cho quân dân các tỉnh miền Đông, Khu 6 tham gia các chiến dịch, chiến thắng ở trận Bình Giã, Đồng Xoài, Dầu Tiếng, Bầu Bàng

Tàu 69

Tàu 69 là tàu sắt trọng tải 100 tấn, do Thuyền trưởng Nguyễn Hữu Phước chỉ huy. Trước tháng 4 năm 1966, tàu đã đi được 7 chuyến vận chuyển thành công vũ khí vào Nam. Chuyến thứ tám khởi hành ngày 21 tháng 4 năm 1966 tại Đồ Sơn, chở 61 tấn hàng. Đến đêm 28 tháng 4, tàu đã cập bến Vàm Lũng và giao hàng xong. Trước khi tàu trở lại miền Bắc, phải kiểm tra mọi yếu tố về kỹ thuật, thì chân vịt của tàu bị hỏng nặng. Sau 1 tuần lễ, tàu được sửa xong và hạ thủy chuẩn bị ra Bắc. Nhưng lúc này lại xảy ra một vụ việc: Tàu 100 chuẩn bị vào bến thì bị lộ, bị phong tỏa, tàu buộc phải cho nổ để phi tang. Vụ đó làm cho tàu Hải quân Việt Nam Cộng hòa tập trung quanh bến để theo dõi. Tàu 69 phải nằm 6 tháng trong rừng đước, đến ngày 30 tháng 6 năm 1966 mới có thể rời bến. 9 giờ tối ngày 31 tháng 12, tàu bị một tàu Việt Nam Cộng hòa phát hiện. Tàu đó tiến thẳng về phía Tàu 69. Đến 9 giờ 30 phút tối, thấy không thể lẩn trốn, Thuyền trưởng Nguyễn Hữu Phước quyết định chiến đấu. Hai bên bắn nhau dữ dội. 0 giờ 20 phút ngày 1 tháng 1 năm 1967, khi tàu vào đến cửa Vàm Lũng thì 5 tàu Việt Nam Cộng hòa đã rút lui. Tàu 69 cập bến với 121 lỗ thủng trên thành tàu. 6 giờ sáng ngày 1 tháng 1, đài phát thanh Việt Nam Cộng hòa thông báo vào lúc 23 giờ ngày hôm trước đã bắn chìm một tàu chở vũ khí của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Tàu 69 nằm lại trong rừng đước Cà Mau cho đến ngày kết thúc chiến tranh.[3]

Tàu 100

Tàu 100 với 17 thủy thủ, do Thuyền trưởng Lê Minh Sơn và Chính trị viên Nguyễn Hữu Tương chỉ huy, rời bến Bính Động đêm 24 tháng 4 năm 1966, chở theo 62,605 tấn vũ khí tới Cà Mau. Sau 6 ngày đi suôn sẻ, ngày thứ bảy tàu gặp một máy bay khu trục của Mỹ và bị đeo bám. Sau một tuần vòng vo trên hải phận quốc tế, đến ngày 9 tháng 5 tàu quyết định đột phá vào bờ thì bị phát hiện. Tàu USCGC Point Grey của Mỹ ập tới. Hai bên giao tranh dữ dội. Trận đánh kéo dài đến ngày 11 tháng 5, quân miền Nam cho máy bay giội bom thẳng vào Tàu 100 khiến tàu phát nổ.[3]

Tàu 176

Tàu 187

Tàu 187 gồm 18 thủy thủ, do Thuyền trưởng Phan Văn Xá và Chính trị viên Hồ Đức Thắng chỉ huy, rời bến ngày 11 tháng 6 năm 1966. Ngày 19 tháng 6, trên lộ trình ngoài hải phận quốc tế, tàu đã bị máy bay trinh sát của Mỹ phát hiện. Hải quân Hoa Kỳ điều đến 3 tàu USS John A. Bole (DD-755), USS Haverfield (DE-393), USS Tortuga (LSD-26). Hải quân Việt Nam Cộng hòa điều 4 tàu là HQ-225, HQ-227, HQ-231, HQ-238 thuộc Duyên đoàn 35 và Giang đoàn 23. Tàu 187 lao nhanh về phía bờ biển Trà Vinh, nhưng cách bờ chừng 300 m thì bị mắc cạn. Thuyền trưởng ra lệnh cho toàn bộ thủy thủ đoàn gấp rút rời tàu lên bờ, sau đó ra lệnh hủy tàu. Nhưng bộc phá không nổ. Tàu quân miền Nam tràn tới bắt sống được tàu 187 và toàn bộ 62,6 tấn hàng. 1 thủy thủ của tàu bị thương và bị bắt, 17 người còn lại chạy thoát vào rừng và gia nhập Đoàn 962.[3]

Tàu 198

Tàu 145

Tàu 235

là con tàu chở vũ khí cho chiến dịch xuân mậu thân năm 1968, tàu xuất phát vào đêm 27 tháng 2 năm 1968 tiếp tế cho vùng Hòn Hèo (Khánh Hòa). Lúc đó có 4 tàu nhận nhiệm vụ chở vũ khí là tàu 165, 235, 56 và 43. Chỉ có tàu 56 đi về được. lúc đó trên tàu có 20 thành viên: thuyền trưởng Nguyễn Phan Vinh, chính trị viên Nguyễn Tương, thuyền phó là Đoàn Văn Nhi và Võ Tá Từ, máy trưởng Ngô Văn Thứ, máy hai Trần Lộc, thợ máy Vũ Long An và Nguyễn Minh Hải, thợ điện Lê Duy Mai, báo vụ Phạm Trường An và Doãn Quang Ruyện, ra đa Trần Thọ Thuyết, thủy thủ Nguyễn văn Phong, Đào Quang Ty, Hà Minh Thật, cơ yếu: Nguyễn Văn Dũng, y tá Hoàng Văn Hòa, lái tàu Mai Văn Khung, Lâm Quang Tuyến. Tàu đi đến đêm 29 tháng 2, khi vào hải phận Khánh Hòa thì bị 3 tàu chiến bao vây là tàu Ngọc Hồi, tàu HQ12, tàu HQ617 bao vây, nó muốn bắt sống tàu 235. Tàu 235 cố gắng thoát khỏi vòng vây nhưng thất bại, cho nổ tàu với 100 kg thuốc nổ. Khoảng 2 giờ 30 phút ngày 1 tháng 3, một cột lửa bùng lên chia tàu thành làm 2 phần, 1 phần chìm, còn 1 phần văng lên núi. Các chiến sĩ lên bờ được chia làm hai tốp...

Tàu 649

Tàu 673

Tàu 675

Tàu 143

Tàu 41